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其實違章建築主要是因為在消防、使用上未能通過主管法令，而違反行政規章，並不是當然就表示人們不能擁有，在法律上還是屬於可以取得所有權的部份，因此法律也保障所有權人可以排除其他人就該違章建築的侵佔、破壞，而違章建築更可以成為買賣的標的物。
而房屋稅，是以附著在土地上的各種房屋，和有增加房屋使用價值的建築物為課稅的對象，既然房子增建的違章建築部份能夠增加房子的使用價值，而且也可以成為買賣的標的物，當然也是房屋稅課徵的對象之一。而房屋稅是以房屋的使用價值作為認定，則違章建築部份要核定稅籍，納稅義務人就必須在建造完成之後三十天之內，向稅捐稽徵機關申報房屋的現值和使用情形，如果沒有在規定的期間內申報的話，就要靠運氣了，運氣不好被稽徵機關查到或是有「好鄰居」主動幫你查報，則房屋的價值就不是你自己申報了算，主管機關會委請不動產評價委員會幫你評定房屋的現值，然後直接幫你設立房屋稅籍來課稅。
或許違章建築課稅會讓人有中華民國萬萬稅的觀感，但其實不課稅問題會更多：一來會讓人有法令不公平的感覺，合法建築要課稅、違章建築卻不用，那合法繳稅的人會感覺被政府欺負了，而且大家可能都會爭相去檢舉鄰居的違建，不僅鄰居間感情變得不好，更浪費社會資源；其次如果違建不用課稅，那大家可能爭相去增蓋違建，不僅造成社區建築參差不齊影響美觀造成居住品質下滑、房價低落，更會因為佔用空間而有產權糾紛或是造成消防安全上的危險。
但是違章建築就算課稅了，也不能認為他是合法的存在，畢竟在未通過消防安檢或其他建築法令前，違章建築本身的風險還是存在，還是可能危急所有權人或其他住戶的身家安全，所以還是可能在繳稅後被主管機關拆除。只是社會資源有限，違章建築無窮，主管機關要執行拆除任務當然也會有輕重緩急的分配，所以就算主管機關要拆除，也會先經過查勘，認定有立即拆除必要的才會馬上拆除，並不是所有違章建築都會被拆除，而沒有立即拆除必要的，會先要求你三十天內補辦手續取得使用執照，要超過三十天你還沒能取得的，主管幾關才會認定你的違章建築沒有使用的必要而來執行拆除。而且如果同一地區違章建築數量太多，光拆你家不拆他家，主管機關也很容易落入人們執法不公的質疑裡，所以主管機關要拆之前一定會慎重其事。
雖然違章建築不是馬上會面臨拆除的命運，但也不應該是逃避課稅的藉口，畢竟房屋稅的課徵有他的社會目的存在，而違章建築也逃避不了受法令規制的命運，所以為了不受罰或是造成其他人僥倖的心裡而影響房屋的價值，還是乖乖繳稅才是上策。
參考法條：房屋稅條例第3條、第7條、第16條，違章建築處理辦法第5條
台灣房屋情報  文／李國禎
http://key88.net/article17656.html