據財政部臺北市國稅局表示，若民眾有意申報遺產稅中的農業用地扣除額，必須檢具農業主管機關核發的「農業用地作農業使用證明書」，證明該塊農地目前仍作為農業使用，而非閒置或移作其他用途；在取得農用證明書後，納稅義務人才能再向主管稽徵機關辦理免徵遺產稅。
國稅局發現，有部份民眾申報農業用地扣除額，卻未依法檢附使用證明書，因此須補徵遺產稅。國稅局舉例說明，被繼承人甲君死亡時遺有多筆土地，惟因土地所在地之縣市政府，於64年間發布甲君持有之土地劃為乙種工業區，並於71年實施細部計畫。
而甲君於99年間死亡，其繼承人申報遺產稅，經本局核定遺產總額約1千9百萬餘元，遺產淨額約1千2百餘萬元，補徵遺產稅額即為遺產淨額。但申請人主張前開土地應適用農業用地扣除額，稅額應減少151萬餘元；然國稅局審核發現，甲君繼承人因無法提出「農業用地作農業使用證明書」，故不予核准。
甲君之繼承人不服，於是申請復查，並援引稅捐稽徵法第12條之1，檢附系爭土地農用使用狀況照片，申請依實質認定。經國稅局調查後，認為該塊土地依據該農業主管機關公文說明，並不符合農業用地作農業使用認定及核發證明辦法之規定，故無法核發「農業用地作農業使用證明書」，該局復查予以駁回，甲君之繼承人續提起訴願，仍為財政部訴願決定駁回。
國稅局解釋，本案甲君之繼承人復查主張被繼承人甲君遺留之土地實際為農業使用，並檢具該土地地上物果樹照片，惟因無法提示農業主管機關核發之「農業用地作農業使用證明書」，又經該農業主管機關說明不符合核發「農業用地作農業使用證明書」規定。依據遺產及贈與稅法第17條第1項第6款規定，不適用農業用地扣除額，因此有意申報遺產稅中農用地扣除額之民眾，必須多加留意了。【住展房屋網/台北報導】
遺產稅農地農用訴訟
有關更生日報100年8月22日報導3億遺產稅官司黃金姊妹勝國稅局及函文不得提訴願 國稅局被指違憲，國稅局提出澄清
北區國稅局澄清說明，100年8月22日花蓮更生日報報導，3億遺產稅官司黃金姊妹勝國稅局及函文不得提訴願 國稅局被指違憲。
國稅局表示：本案係因三姊妹之母於83年2月9日 死亡，而未依規定期限辦理遺產稅申報，經財政部臺灣省北區國稅局依查得資料核定遺產稅。繼承人不服於90年2月13日 申請復查，復查決定維持原核定。又不服復查決定於91年2月15日 提起訴願。
訴願案敗訴後復向臺北高等行政法院提起行政訴訟，經臺北高等行政法院93年7月7日 以91訴字第4121號判決駁回，繼承人等未提起上訴而於93年8月4日 確定在案。
繼承人行政訴訟當中，曾向花蓮國稅分局提出扣除農地農用更正申請，嗣後該分局參據臺北高等行政法91訴字第4121號判決理由意旨，以94年5月23日北區國稅花稅一字第0941009160號函復繼承人，准予更正被繼承人 林許滿 君遺產稅總額。
然 林 君又於95年5月5日 繕具申請書，主張被繼承人 林許滿 君遺產稅，有178筆屬農業用地並作為農業用，應扣除未扣除部分云云，請求重新審查准予更正，案經財政部臺灣省北區國稅局函復略以，訴願人逾行政程序法第128條規定之期限始提出申請，程序未合；
原核定亦無稅捐稽徵法第28條之適用法令錯誤或計算錯誤情事等語，否准更正申請。 林 君不服，於97年4月17日 向財政部提起訴願，經財政部訴願審議委員會97年10月24日 決定訴願駁回（案號：第09701420號）。惟繼承人 林 君不服財政部訴願審議委員會訴願決定提起行政訴訟，案經台北高等行政法院100年7月19日97訴字第3208號判決：訴願決定撤銷。
國稅局表示：該分局在處理本案時，均依合法程序辦理，查審過程中亦儘量替納稅義務人著想，有利於納稅義務人部分雖是已確定案件，還是依更正程序處理，並無不當之處。
在函覆繼承人 林 君時，文中並無「不得提訴願」詞句，且裁判書內容亦無表示違憲之意，高等行政法院對本案判決訴願決定撤銷，由訴願機關就原處分機關94.5.23函予以審查，另為適法之決定，並非意味國稅局敗訴，而撤銷遺產稅，僅對繼承人要求自遺產總額扣除屬農業用地部分，重新審酌，本案已由總局審理中。
國稅局特別呼籲納稅義務人，有遺產一定要據實申報，並能盡量提示相關財產資料供國稅局查核，以免喪失自身權益。北區國稅局
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