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台北101大樓內有13戶房屋，與台北市稅捐處發生房屋稅的爭訟；爭議點在於建物已領使用執照，但尚未辦理所有權登記時要否課徵房屋稅。根據最高行政法院93年及96年的兩件判決一致指出，經核發使用執照的房屋，其房屋已建造完成，依法就應申報設籍課徵房屋稅。

台北高等行政法院日前引用最高行政法院這兩件確定判決的意旨，判決台北101大樓這13戶房屋，大約在1年半的課稅期間，共需課徵2.5億餘元房屋稅。不過台北金融大樓公司仍可上訴。

這件爭訟，事實上包括兩件行政官司，但官司都打敗了；兩件官司的課稅建物，為台北101大樓的地下5層至地上6層的裙樓部分，面積約12,803平方公尺；期間分別是在92年7月至93年6月，課稅額約1.25億元，以及93年7月至93年12月稅額約1.29億元。

年2月間，最高行政法院以原審法院並未查明，稅捐處核課稅捐的標的物是否全部已經取得使用執照，就判決101大樓敗訴為由，將台北高等行政法院原判決廢棄，發回原審法院重審；台北高等行政法院更一審日前宣判，台北金融大樓公司還是敗訴。

台北101大樓前後打了三個審級的官司，還是落敗的原因，主要在於法院審酌房屋稅條例的相關規定中，都沒有列舉無建物勘測成果圖或未辦建物登記的建物，就可以免徵房屋稅的事由。

同時，最高行政法院在93年度判字第1402號及96年度第419號判決，這兩件確定判決都認定「經核發使用執照的房屋，其房屋已建造完成，依法就應申報設籍課徵房屋稅。」
中時電子報 記者張國仁／台北報導 2010/04/07

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